BAB Bs200ProP / BsComet DNA Comet Assay

Bs200Pro yazılımı içerinde yer alan Comet Assay yazılımının kullanımı son derece kolaydır. Otomatik ve manuel ölçümler, histogram, gerekli matematiksel hesaplamaları yapar.

Name,kGy, CometArea, CometLength, CometHeight, CometIntensity, CometMeanInsety, HeadDiameter, HeadLength, HeadArea, HeadIntensity, HeadMeanInsety, %DNAHead, TealArea, TealIntensity, TealMeanInsety, TealLength, %DNATeal,TealMoment, ...

Çözüm: Elde edilen komet görüntüleri Bs200proP ile iki ayrı metotla analiz edilir. Kullanıcının seçimine bağlı olarak Otomatik veya yarı otomatik ölçüm metotları kullanabilirsiniz.

Tek bir tuşla birden çok verileri karşılaştırabilir ve grafik çizebilirsiniz. Tüm parametrelerin kendi içinde istatistiklerini alabilirsiniz.
Word, Excel gibi yazılımlara veri aktarabilirsiniz.

BAB BsComet Assay Karşılaştırmalı Grafik

Komet ölçüm verilerini farklı veri taban isminde saklayabilirsiniz. Elde edilen her veri tabanının grafiğini ve istatistiğini alabilirsiniz.

1,2.......N Tane veri tabanının verilerini karşılaştırmak bence çok önemlidir. Bu karşılaştırmayı Bscomet Assay sizin için tek bir tuşla yapacaktır. Örnegin 10 tane veri tabanınız var ve bunlardan birtanesi kontrol verisi. 10 veri tabanın DNA Tail parametresini karşılaştırmak istiorsunuz ("BİRDEN FAZLA PARAMETRE SEÇİP AYNI ANDA KARŞILAŞTIRABİLİRSİNİZ") yapmanız gereken tek şey BAB Bs Compare Graphic penceresine tıklamak olacaktır.

Gerekli ekipman

BAB Bs Comet Assay yazılımı

BAB Mikroskop Kamerası
Görüntü elde etmek için yüksek çözünürlüklü bir kamera. Kamera zayıf ışığa duyarlı olmalıdır( 0.05lux veya daha düşük)

BAB Flüoresan Mikroskop Mikroskop

BAB iş istasyonu

Matematiksel Modellemelerle Comet Assay Çözümü

Bs200ProP/BsComet Görüntü İşleme ve Analiz Sisteminin kullanılması

Yazan :Babacan Uğuz / Matematik mühendisi
İletişim :bab@bab.com.tr
Telefon : 0532 435 8559 / 0312 229 0450

Comet tekniği :
Tek hücre jel elektroforezi (Single cell gel electrophoresis,SCGE) veya Comet tekniği,DNA hasarını ölçmek ve analiz etmek amacıyla kullanılan, hızlı, basit, duyarlı ve yaygın kullanım alanına sahip bir tekniktir

Comet görüntüsünün değişime uğraması:

Moleküler genetik/Biyoloji/Toksikoloji/Biyomonitoring ile uğraşan bilim adamları DNA yapısını bozan çeşitli çevre faktörleri, kimyasal maddeler, radyasyon gibi etkilerinin sonucunda hücrenin DNA yapısının bozulduğunu; Bu bozulmalar sonucunda etkilenmenin miktarına göre kuyruk olarak kendisini gösterdiğini söylerler.

Komet görüntüsünün değişime uğraması

Comet Parametrelerinin, BAB BsComet ile Hesaplanması

Sorunsuz insan gözü bir rengi 20-25 ton ayırabilme yeteneğine sahiptir. Oysa bilgisayar teknolojilerinde RGB=KYM(kırmızı,yeşil,mavi) sistemlerine göre (256x256x256) 1.6 milyon ton.
HSV sistemlerine göre de (360x256x256) 2.35 milyon tona bakar. Her bir noktayı kendi içinde değerlendirir

BAB BsComet Yazılımı görüntü üzerinde bulunan tüm komet görüntülerini otomatik veya yarı otomatik olarak hesaplar ve tüm ölçüm değerlerini bir veri tabanında toplar.

BsComet görüntünün büyüklüğü ne olursa olsun çok hızlı renk ayrışımı yapar.

· Tek bir tuş ile elde edilmiş görüntüyü otomatik analiz eder ve bir veri tabanına yazar.
· Birden çok veri tabanını bir veri tabanı altında birleştirir.
· Sizin belirlemiş olduğunuz analiz sayısında sizi uyarır.
· Ms excel ve diğer veri tabanlarına data aktarır.

BAB BsComet’le Hesaplanan Bazı Parametreler

Name, kGy, CometArea, CometLength, CometHeight, CometIntensity, CometMeanInsety, HeadDiameter, HeadLength, HeadArea, HeadIntensity, HeadMeanInsety, %DNAHead, TealArea, TealIntensity, TealMeanInsety, TealLength, DNATeal, TailMoment,OliveTailMoment,Tail Length,Comet total intensity, TailMoment,OliveTailMoment,Tail Length, Comet total intensity,C. total area, Tail Area, MeanIntensity

COMET YÖNTEMİ

Prof. Dr. Semra Şardaş
Marmara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi,Toksikoloji Anabilim Dalı İstanbul

Kanser gelişimi uzun yıllar sonucunda gerçekleştiğinden prospektif epidemiyolojik çalışmalar düzenlemek her zaman mümkün değildir.Bu sebeple kanser riskini belirleyebilecek özellikte biyogöstergelere ihtiyaç vardır.Çoğu insan karsinojeni genotoksikken,tüm genotoksik ajanların insanlarda karsinojenik olduğu gösterilmemiştir.Kanser gelişiminden önce genotoksisite ile karsinojenesite arasındaki ilişkinin belirlenmesi doğal olarak önem kazanmıştır.Bu amaçla geliştirilen çeşitli genotoksisite yöntemleri mevcuttur.Bunlardan en sık olarak son yıllarda comet tekniğinden yararlanılmaktadır.

Tek hücre jel elektroforezi (Single cell gel electrophoresis,SCGE) veya Comet tekniği,DNA hasarını ölçmek ve analiz etmek amacıyla kullanılan,hızlı,basit,duyarlı ve yaygın kullanım alanına sahip bir tekniktir.İlk defa 1978 yılında Rydberg ve Johanson tarafından DNA sarmak kırıklarının ölçülmesi amacıyla kurulan,daha sonra 1984
yılında Östling ve Johanson tarafından geliştirilen teknik nötral pH’daki lizing şartlarında uygulanarak DNA çift sarmak kırıklarını tayin etmekteydi. 1988 yılında Singh ve arkadaşları tarafından protokolde birtakım değişiklikler yapılarak yöntem alkali lizing koşullarında uygulanmıştır.Singh ve arkadaşlarının comet yöntemi protokolü bugün küçük değişiklerle dünya genelinde en yaygın kullanılan genotoksisite protokolüdür.Yöntemin en önemli avantajlarından bir tanesi de çok çeşitli hücre tiplerinde çalışma olanağı sağlaması,in- vivo/in-vitro uygulanabilmesidir. Comet yönteminde hücreler izole edildikten sonra agar içine gömülerek mikroskobik lamlara yayılır,lizing aşamasından sonra elektroforeze bırakılıp florasan boya ile boyanmak suretiyle değerlendirilir.Comet tekniği ile DNA hasarının kantitatif olarak tayin edilmesinde , kuyruk uzunluğu,kuyruk momenti ve kuyruktaki DNA yüzdesi en yaygın kullanılan parametrelerdir.Kuyruktaki DNA yüzdesinin belirlenmesi ve sonuçların gözle değerlendirilmesi diğer parametrelere göre doz cevap ilişkisini daha iyi yansıtması sebebiyle tercih edilmektedir.Comet tekniği DNA hasarını izlemede uygun ve etkili bir yöntem olarak kullanılmaktadır. Ayrıca, bireyin ,DNA onarım kapasitesini belirlemek içinde comet tekniğinden yararlanılmaktadır. Hasarlı DNA’nın onarılmaması kanser oluşumunun temel mekanizması olarak kabul edilir. Bu olay DNA onarım yetersizliğini ve kansere yatkınlığı dolayısıyla bireysel duyarlılığı belgeler. DNA onarım problemlerini saptayabilmek için Challenge tekniği ile kombine olarak comet tekniği hücrelerin radyasyona duyarlılıklarındaki farklılıklardan yola çıkarak ‘onarım’ olarak adlandırdığımız hasarın biyolojik prosesine bağlı olarak son yıllarda kullanılan hızlı ve güvenilir yöntemdir.Bunun yanısıra, okside olmuş pürin ve pirimidin bazlarının net göstergesi olarak bazı bakteriyel enzimlerin kombinasyonu ile (örn; . formamidopyrimidine glycosylase, endonuclease III, uracil-DNA glycosylases vs.) comet tekniğinden sağlık alanında yararlanmak mümkündür. Genotoksikolojik,Ekotoksikolojik ve Biyoizleme araştırmalarında öncelikli kullanım alanına sahiptir.

1995 yılında Comet Tekniğini Gazi Üniversitesi,Eczacılık Fakültesi,Toksikoloji Anabilim Dalında kurduktan sonra,aynı yıl tekniği kullanarak yaptığımız yayın Uluslararası indekslere kayıtlı olan Mutation Research dergisinde yayınlandı.Türkiye den yayınlanan ilk comet tekniğinin kullanıldığı araştırma olması bakımından araştırmada emeği geçen arkadaşlarıma teşekkür ediyorum.İlk çalışmalarımızda bilgisayar destekli görüntü ve analiz .sistemi olmadığı için DNA hasarını gözle değerlendirilerek,öküler içine yerleştirdiğimiz cetvel yardımı ile ölçüm yaparak ,ve hasar şiddetine göre kategorize edilerek değerlendirilme yapılmıştır..Ancak daha sonraki yıllarda yürütücüsü olduğum proje kapsamında Anabilim Dalımıza yurt dışından temin edilen görüntüleme sistemi ile DNA hasarını kantitatif değerlendirme olanağımız da oldu.2006 yılından beri görevimi Marmara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi,Toksikoloji Anabilim Dalında sürdürmekteyim.Önemli genotoksisite yöntemlerini Marmara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Anabilim dalımızda da arkadaşlarımın desteği ile kurmuş bulunmaktayım.Özellikle comet tekniğini DNA hasarını ve onarımını belirlemek amacıyla çeşitli projelerde uygulamaktayız.Marmara Üniversitesi proje desteği ile Anabilim Dalımıza temin ettiğimiz ve çalışmalarımızda yararlandığımız ,kullanımı, yazılım esnekliği daha kolay bilgisayar destekli BAB Bs Comet görüntü ve analiz sistemini yerli olarak üreten , BAB firması sahibi Sayın Babacan Uğuz’ u tebrik ediyoruz ve desteğine,ayrıca Anabilim Dalımızda kurulmasına ve öğretim elemanlarının eğitimi konusunda göstermiş olduğu hassasiyeti için teşekkür ediyoruz.

Tice RR, Agurell E, Anderson D, Burlinson B, Hartmann A, Kobayashi H, Miyamae Y, Rojas E, Ryu JC, Sasaki YF. Single cell gel/Comet Assay: guidelines for in vitro and in vivo genetic toxicology testing. Environ. Mol. Mutagen. 2000; 35: 206-21.

Ostling O, Johanson KJ. Microelectrophoretic study of radiation-induced DNA damages in individual mammalian cells. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984; 123: 291-98.

Collins AR, Duthie, SJ, Dobson VL. Direct enzymic detection of endogenous oxidative base damage in human lymphocyte DNA. Carcinogenesis. 1993; 14: 1733–735.

Collins A, Dusinska M, Franklin M, Somorovska M, Petrovska H, Duthie S, Fillion L, Panayiotidis M, Raslova K, Vaughan N. Comet Assay in human biomonitoring studies: reliability, validation, and applications. Environ. Mol. Mutagen. 1997; 30: 139–143

Sayın Prof. Dr. Semra Şardaş ve arkadaşlarına ait Comet tekniği ile yayınlanmış bazı Uluslararası Yayınlarına Örnekler

Sayın Prof. Dr. Semra Şardaş ve arkadaşlarına ait Comet tekniği ile yayınlanmış bazı Uluslararası Yayınlarına Örnekler;

Sardas,S., Walker,D., Akyol,D., Karakaya,A.E.: Assessment of smoking-induced DNA damage in lymphocytes of smoking mothers newborn infants using the Single Cell Gel Electrophoresis Technique.

Mutation Research, 335: 213-217, (1995).

Sardas,S., Aygün,N., Gamlı,M., Ünal,Y., Ünal,N., Berk,N., Karakaya,A.E.: Use of alkaline Comet assay (single cell electrophoresis technique) to detect DNA damage in lymphocytes of operating room personnel occupationally exposed to anaesthetic gases .Mutation Research, 418, 93-100 (1998).

Sardas,S., Karabıyık,L., Aygün,N., Karakaya,A.E.: DNA damage evaluated by the allkaline comet assay in lymphocytes of humans anaesthetized with isoflurane, Mutation Research, 418, 1-6 (1998).

Baltacı,V., Aygün,N., Akyol,D., Karakaya,A.E., Sardas,S.: Chromosomal aberrations and alkaline Comet assay in families with habitual abortion, Mutation Research 417, 47-55 (1998).

Karakaya,AE., Sardas ,S., Burgaz,S.: Genotoxic Tests: Application to occupational exposure as biomarkers in “DNA Damage and Repair: Oxygen Radical Effects, Cellular Protection and Biological Consequences” Eds.M.Dizdaroğlu, A.E.Karakaya. Plenum Publishing Corporation. P.181-191(1999).

Öztok, U., Yılmaz, M., Karakoç, A., Çakır, N., Karakaya, A.E., Sardas, S.: Detection of oxidative damage to DNA in diabetes mellitus by comet assay. Neoplasma, 46, Suppl., 1999.
Kocabas,A,N., Karahalil, B., Karakaya,A,E., Sardas, S.:Influence of GSTM1 genotype on comet assay and chromosome aberrations after induction by bleomcin in cultured human lymphocytes.
Mutation Research, 469,199-205 (2000).

Sardas S., Yılmaz M., Öztok U., Çakır N., Karakaya A.E.: Assessment of DNA strand breakage by comet assay in diabetic patients and the role of antioxidant supplementation.
Mutation Research. 490, 123-129 (2001).

Karabıyık,L., Sardas,S., Polat,U., Kocabas,NA., Karakaya,AE.: Comparison of genotoxicity of sevoflurane and isoflurona in human lymphocytes studied in vivo using the comet assay.
Mutation Research. 492, 99-107, (2001).

Biri A., Civelek E., Karahalil B., Sardas S. : Assessment of DNA Damage in Women Using Oral Contraceptives.Mutation Research, 521 (1-2): 113-9 (2002).

Eren K., Ozmeric N., Sardas S.: Monitoring of buccal epithelial cells by alkaline comet assay (single cell gel electrophoresis technique) in cytogenetic evaluation of chlorhexidine.
Clin Oral Investig, 6(3): 150-4 (2002).

Baltacı, V., Şardaş, S.; Aytaç, B., Cakar, S., Karakaya, AE.: Assessment of Cytogenetic Aberrations and Comet Assay In Colorectal Adenocarcinomas.
Tumori, 89:305-310 (2003).

Sardas S.: The role of antioxidants in cancer prevention and treatment.
Indoor and Built Environment. 12:401-404 (2003).

Cok I., Sardas S., Kadioglu E., Ozcagli E., Assessment of DNA damage in glue sniffers by alkaline comet assay.
Mutation Research. 557:131-136 (2004).

Kaymak C, Kadioglu E., Basar H., Sardas S.: Genoprotective Role of Vitamin-E and Selenium in rabbits Anaesthetized with sevoflurane.
Human and Experimental Toxicology, 23;413-419 (2004)

Kadıoğlu E, Şardaş S, Aslan S,Isık E,Karakaya AE.;Detection of Oxidative DNA Damage in Lymphocytes of Patients with Alzheimer’s disease.
Biomarkers, 9;203-209 (2004)

Boyaci B, Yalcin R, Cengel A, Erdem O, Dortlemez O, Dortlemez H, Sardas S;
.Evaluation of DNA Damage in lymphocytes of cardiologists exposed to radiation during cardiac catheterization by the. Comet assay Jpn Heart J . Sep;45(5):845-53(2004

Karakaya, A.E., Ozcagli E., Ertas N., Sardas S.; Assessment of abnormal DNA repair responses and genotoxic effects in lead exposed workers. American Journal of Industrial Medicine 47(4): 358-63, (2005).

Ozcagli E., Sardas S.; Biri A., Assessment of DNA damage in postmenopausal women under hormone replacement therapy. Maturitas, 51(3): 280-5. (2005)

Şardaş S.;Genotoxicity tests and their use in Occupational Toxicology as Biomarkers.
Indoor and Built Environment, Vol. 14, No. 6, 521-525 (2005)

Bayram M,Soyer C,Kadıoglu E,Sardas S.;
Assessment of DNA damage in postmenopausal women under osteoporosis therapy.
Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol. 2006 Feb 25; [Epub ahead of print]

Sardas S,Izdes S,Ozcaglı E,Kanbak
The role of antioxidant supplementation in occupational exposure to waste anaesthetic gases.
Int Arch Occup Environ Health. 80(2):154-9. 2006

Atesagaoglu A,Omurlu H,Ozcaglı E,Sardas S,Ertas N.
Mercury exposure in dental practice
Operative Dentistry. 31(6):666-9. 2006

Kaymak C , Kadioglu E , Ozcagli E , Osmanoglu E , Izdes S , Agalar C , Basar H
Sardas S ; Oxıdatıve DNA damage and total antıoxıdant status ın rats durıng experımental gram-negatıve sepsıs. Human & Experimental Toxicology. In press.2008

Sardas S, Cimen B, Karsli S, Yurdun T, Donbak L.;Comparison of genotoxic effect between smokeless tobacco (Maras powder) users and cigarette smokers by the alkaline comet assay. Hum Exp Toxicol. 2009 Apr;28(4):214-9.

Kadioglu E, Sardas S, Erturk S, Ozatamer O, Karakaya AE.;Determination of DNA damage by alkaline halo and comet assay in patients under sevoflurane anesthesia.Toxicol Ind Health. 2009 Apr;25(3):205-12.

Izdes S, Sardas S, Kadioglu E, Kaymak C, Ozcagli E.;Assessment of genotoxic damage in nurses occupationally exposed to anaesthetic gases or antineoplastic drugs by the comet assay.J Occup Health. 2009;51(3):283-6.

Beyoglu D, Ozkozaci T, Akici N, Omurtag GZ, Akici A, Ceran O, Sardas S. ;Assessment of DNA damage in children exposed to indoor tobacco smoke.Int J Hyg Environ Health. 2010 Jan;213(1):40-3.

Beyoglu D, Ozkozaci T, Akici N, Omurtag GZ, Akici A, Ceran O, Sardas S. ;Assessment of DNA damage in children exposed to indoor tobacco smoke. Int J Hyg Environ Health. 2010 Jan;213(1):40-3.


Bs200Pro
Bs200Doc
Bs Comet Assay
Bs Karyotype/Cytogenetic
Bs Fish, CGH Fluorescence
Bs Geometrik Morfoloji
Bs Orthopaedica
Bs production Control
BAB Microscope / Camera
Örnek Uygulamalar
BAB 3D Image
BAB Laboratuvar